Ο Εμμανουήλ Μαθιουδάκης γεννήθηκε στο Κολυμβάρι Χανίων. Απέκτησε πτυχίο Μαθηματικών από το Πανεπιστήμιο Κρήτης το 1993, καθώς και Μεταπτυχιακό και Διδακτορικό Δίπλωμα από το Γενικό Τμήμα του Πολυτεχνείου Κρήτης,  το 1996 και το 2001 αντίστοιχα.

Διετέλεσε μέλος του Διδακτικού-Ερευνητικού Προσωπικού (ΔΕΠ) του Γενικού Τμήματος του Πολυτεχνείου Κρήτης από το 2004 μέχρι το 2013. Με την ενσωμάτωση του Γενικού Τμήματος στις υπόλοιπες Σχολές του Ιδρύματος το 2013, μετακινήθηκε στη Σχολή Μηχανικών Ορυκτών Πόρων του Πολυτεχνείου Κρήτης, όπου υπηρετούσε έως και σήμερα στη βαθμίδα του Αναπληρωτή Καθηγητή. 

Το ακαδημαϊκό έτος 2004-2005 υπήρξε μέλος της Συγκλήτου του Ιδρύματος, ενώ από το 2004 έως και το 2013 υπήρξε μέλος της Επιτροπής Μεταπτυχιακών Σπουδών του Γενικού Τμήματος. Από το 2009 συμμετείχε ως μέλος της επιστημονικής επιτροπής του Υπολογιστή Πλέγματος του Πολυτεχνείου Κρήτης. Ήταν μέλος του Εργαστηρίου Εφαρμοσμένων Μαθηματικών και Ηλεκτρονικών Υπολογιστών από το 1993.

Είχε διδάξει σημαντικό αριθμό προπτυχιακών και μεταπτυχιακών μαθημάτων, ενώ είχε επιβλέψει δύο διδακτορικές και εννέα μεταπτυχιακές διατριβές, καθώς και διπλωματικές εργασίες. Είχε δημοσιεύσει επιστημονικά άρθρα σε διεθνή επιστημονικά περιοδικά, συμπεριλαμβανομένων άρθρων που διακρίθηκαν σε διεθνή συνέδρια. Υπήρξε επίσης επιστημονικός συνεργάτης σε χρηματοδοτούμενα ερευνητικά προγράμματα. 

Με βαθιά αισθήματα θλίψης και σεβασμό στον αγαπητό συνάδελφο και δάσκαλο της Πολυτεχνικής μας οικογένειας, απευθύνουμε τα ειλικρινή μας συλλυπητήρια στην οικογένειά του και στους οικείους του. 

Αγαπητέ Μανώλη, θα σε θυμόμαστε για την πολύτιμη προσφορά σου στο Πολυτεχνείο Κρήτης, για το ήθος σου και την υπευθυνότητά σου, για την καλοσύνη σου, για την ιδιαίτερη αγάπη σου στη φύση.  

Καλό σου ταξίδι …

Η Πρυτανεία του Πολυτεχνείου Κρήτης
Χανιά, 26 Mαρτίου 2021